Авиакомпания "Томск Авиа" начала выполнять полеты по маршруту Новосибирск—Кызыл (Республика Тува). Рейсы осуществляются из аэропорта Толмачево три раза в неделю на самолете Ан-24. Как отмечают представители новосибирского аэропорта, до августа 2012 г. полеты по этому маршруту выполняли самолеты авиакомпании Dexter, однако потом авиасообщение между городами было прекращено.

Сейчас Новосибирск соединен прямыми региональными рейсами с Томском, Стрежевым, Горно-Алтайском, Тюменью, Сургутом, Нижневартовском и другими городами. Рассматривается возможность возобновления рейсов в Абакан, а также установления авиасообщения с ближайшими городами региона — Барнаулом, Новокузнецком, Кемерово.