Пункт пограничного контроля аэропорта Томска будет открыт 15 мая 2013 г. Это позволит начать обслуживание международных рейсов. Помещения аэропорта, предназначенные для пункта пропуска, уже готовы к эксплуатации и оснащены необходимой техникой. Сейчас проводится регистрация приказа Росграницы об открытии международного пункта пропуска. Изначально открытие планировалось на  IV квартал 2012 г.

Разрешение на открытие международных направлений в томском аэропорту было получено 14 апреля 2010 г. Строительство пункта пограничного контроля в аэропорту Томска финансировалось по механизму государственно-частного партнерства. Кроме того, Федеральное агентство по обустройству государственной границы финансировало оснащение объекта необходимым оборудованием.